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“根”通常指带电荷的原子或原子团，它们都是离子，如铵根NH，硫酸根SO等，但并不是所有的离子都称根，如H⁺不能叫氢根，K⁺不叫钾根。

“基”通常指电中性的原子团，从结构上看，基中必有某原子含有未成对的电子，基不能电离。如：羟基

“根”主要存在于离子化合物中，“基”一般存在于共价化合物中，这些物质不能在水中电离出自由“基”来，但在特殊条件下，如(光、高温等)可解离出整个基团为活性很强的自由基。

“根”和“基”在组成上、性质上是不相同的。一般说来，根性质稳定，而基不稳定。

      表示也不同，如氢氧根 ,    但相互有联系，如氢氧根OH^{－  ,}失去电荷(一个电子)转化为羟基，而羟基获得一个电子转化为根OH^－。

               “原子团”是由多个原子组成的集团，在许多化学反应中，作为一个整体参加。如SO，－OH等，多个原子形成的基团都是原子团。严格讲，共价分子也算原子团，但通常所说的原子团是不能单独存在的原子集团，故共价分子就排除在这一概念之外。